Mehr Risikofokus und deutlich ausgeweitete Mitwirkungspflichten

Hintergrund und Ziel der neuen Außenprüfungsordnung

Das Bundesministerium der Finanzen (BMF) hat am 23. März 2026 den „Entwurf einer Allgemeinen Verwaltungsvorschrift der Bundesregierung für die Außenprüfung – Außenprüfungsordnung (ApO)“ veröffentlicht. Die neue ApO soll die bisherige Betriebsprüfungsordnung (BpO 2000) aus dem Jahr 2000 ersetzen.

Hintergrund ist eine Änderung der Abgabenordnung (AO) durch das Gesetz zur Umsetzung der Richtlinie (EU) 2021/514 sowie zur Modernisierung des Steuerverfahrensrechts vom 20. Dezember 2022. Ziel dieser Gesetzesänderung war insbesondere eine Beschleunigung von Außenprüfungen.

Der Entwurf integriert die neuen gesetzlichen Vorgaben in überarbeiteter und neu strukturierter Form und enthält darüber hinaus weitere Regelungen zur Effizienzsteigerung sowie zur besseren Zusammenarbeit zwischen den Außenprüfungsstellen der Länder und dem Bundeszentralamt für Steuern (BZSt).

Die neue Außenprüfungsordnung soll am Tag nach ihrer Veröffentlichung im Bundessteuerblatt in Kraft treten.

Die wesentlichen geplanten Änderungen der neuen Außenprüfungsordnung:

Stärker am Risiko orientierte Fallauswahl
Prüfungsfälle sollen künftig verstärkt anhand von Risikokriterien ausgewählt werden (§ 2 ApO‑E), unter anderem auf Basis digitaler Auswertungen sowie nationaler und internationaler Risikobewertungsverfahren.

Zeitnähere und „schlankere“ Prüfungen
Außenprüfungen sollen grundsätzlich zeitnah nach Ablauf des geprüften Veranlagungszeitraums beginnen (§ 2 Abs. 3 ApO‑E). Für kleinere Unternehmen ist vorgesehen, den Prüfungszeitraum regelmäßig auf maximal drei Besteuerungszeiträume zu begrenzen (§ 5 Abs. 2 ApO‑E).

Verbindliche Rahmenvereinbarungen

Zur Strukturierung und Beschleunigung des Prüfungsablaufs können Finanzverwaltung und Unternehmen künftig verbindliche Absprachen über Ablauf, Kommunikationswege und Fristen treffen (§ 8 ApO‑E).

Stärkung der Mitwirkungspflichten
Das qualifizierte Mitwirkungsverlangen nach § 200a der AO wird klarer geregelt und gewinnt weiter an Bedeutung (§ 9 Abs. 4, § 24 Abs. 4 ApO‑E). Unternehmen müssen Unterlagen künftig vollständiger und zeitnäher bereitstellen.

Größere Rolle des BZSt
Das BZSt wird stärker in Prüfungen eingebunden (eigener Abschnitt IV ApO‑E), insbesondere bei grenzüberschreitenden Transaktionen, internationalen Steuergestaltungen sowie umsatzsteuerlichen Sachverhalten.

Koordinierte Lohnsteuer‑Außenprüfung
§ 21 ApO‑E führt erstmals eine konzern‑ bzw. unternehmensweite koordinierte Lohnsteuer‑Außenprüfung ein. Voraussetzung sind u. a. die Umsatzschwelle von 50 Mio. Euro (§ 14 ApO‑E) sowie eine Arbeitnehmendenzahl von 10.000. Darüber hinaus sind koordinierte Prüfungen auch bei engen wirtschaftlichen Verflechtungen oder einheitlicher Leitung vorgesehen.

Mögliche Auswirkungen für die Praxis

Mit der neuen Außenprüfungsordnung soll sich die Finanzverwaltung stärker auf ein risikoorientiertes Vorgehen fokussieren. Unternehmen mit potenziell höheren steuerlichen Risiken müssen künftig mit häufigeren und intensiveren Prüfungen rechnen, während weniger auffällige Unternehmen entlastet werden könnten. Besonders betroffen dürfte die Umsatzsteuer sein, insbesondere bei international tätigen Unternehmen mit hoher Transaktionszahl.

Zeitnähere Prüfungen können Vorteile bieten, da Sachverhalte besser nachvollziehbar sind und Fehler sich nicht über Jahre fortsetzen. Gleichzeitig bleibt Unternehmen weniger Zeit für die interne Aufbereitung oder Korrektur. Auch vor dem Hintergrund der Anzeige‑ und Berichtigungspflichten nach § 153 Abs. 4 AO bleibt Geschwindigkeit ein entscheidender Faktor.

Für grenzüberschreitend tätige Unternehmen gewinnt die gestärkte Rolle des BZSt weiter an Bedeutung. Internationale Sachverhalte – etwa innergemeinschaftliche Lieferungen, Reihengeschäfte oder OSS‑Sachverhalte – dürften künftig stärker in den Fokus rücken.

Neu sind zudem umfangreiche Regelungen zur koordinierten Lohnsteuer‑Außenprüfung (§ 21 ApO‑E), einschließlich Zuständigkeit, Abstimmung mit der Konzernbetriebsprüfung sowie dem Austausch relevanter Feststellungen. Ergänzend sieht der Entwurf die Einführung einer Arbeitgeberkartei (§ 32 ApO‑E) sowie lohnsteuerlicher Betriebsstättenübersichten (§ 33 Abs. 2 ApO‑E) vor.

Nicht enthalten sind hingegen Ausführungen zur Erprobung alternativer Prüfungsmethoden nach Art. 97 § 38 EGAO.

Fazit und Empfehlung für die Praxis

Unternehmen sehen sich bereits heute mit umfangreichen steuerlichen Mitwirkungs‑ und Vorlagepflichten konfrontiert – einschließlich des Zugriffs auf elektronische Dokumente und steuerlich relevante E‑Mails. Die neue Außenprüfungsordnung verstärkt diesen Trend weiter.

Zu erwarten ist zudem, dass die Nutzung der neuen Kennziffer 500 in den Formularen für Umsatzsteuer‑Voranmeldungen und Umsatzsteuererklärungen ab 2026 zu einer gezielten Aussteuerung und vertieften Prüfung durch die Finanzverwaltung führt (siehe hierzu auch unseren Insight).
In diesem Zusammenhang ist auch die aktuelle Rechtsprechung des Bundesgerichtshofs zu beachten, wonach fehlerhafte Umsatzsteuer‑Voranmeldungen und Jahreserklärungen ggf. als getrennte steuerstrafrechtlich relevante Taten anzusehen sind.

Insgesamt müssen Unternehmen damit rechnen, dass Außenprüfungen künftig häufiger, schneller und spezifischer erfolgen. Fehleranfällige Bereiche – insbesondere im grenzüberschreitenden Umsatz‑ und Lohnsteuerbereich – geraten noch stärker in den Fokus. Gleichzeitig gewinnen interne Prozesse, Datenverfügbarkeit und Reaktionsgeschwindigkeit erheblich an Bedeutung. Bei verspäteter Mitwirkung drohen ein Mitwirkungsverzögerungsgeld sowie ggf. ein Zuschlag von bis zu 3.750.000 Euro.

Um auf diese Anforderungen vorbereitet zu sein, sollten Unternehmen frühzeitig prüfen, ob ihre steuerlichen Prozesse und Systeme den neuen Vorgaben entsprechen. Ein effizientes Tax‑Compliance‑Management‑System (TCMS) spielt dabei eine zentrale Rolle. Ergänzend können gezielte Tax Health Checks helfen, umsatz‑ und lohnsteuerliche Risiken frühzeitig zu identifizieren.

Grant Thornton in Deutschland unterstützt Unternehmen bei der Analyse und Optimierung steuerlicher Prozesse, beim Aufbau oder der Weiterentwicklung eines TCMS sowie durch Health Checks – idealerweise vor einer Außen‑ oder Umsatzsteuer‑Sonderprüfung. Sprechen Sie uns an!